Dans les chapelles du chœur de beaux vitraux du 16e siècle étaient sérieusement menacés par les mouvements du bâtiment. Ceux qui sont les plus menacés sont en cours de démontage. Le démontage est effectué avec précaution par la société Courageux, spécialisée dans la réalisation et la restauration des vitraux.
La société OSMOS, qui est déjà intervenue dans la cathédrale, installe des capteurs dans l’église Saint-Étienne pour mesurer et déterminer la cause des mouvements qui menacent les vitraux.